Analisis Pohon Filogenetik (Phylogenetic Tree)

Kami menyediakan layanan konstruksi pohon filogenetik untuk menganalisis hubungan evolusioner antar organisme berdasarkan data sekuens DNA. Layanan ini penting untuk studi taxonomi molekuler, biodiversitas, dan identifikasi spesies.

Apa itu Pohon Filogenetik?

Pohon filogenetik adalah diagram yang menunjukkan hubungan kekerabatan evolusioner antara berbagai organisme atau gen berdasarkan persamaan dan perbedaan karakteristik genetik mereka. Pohon ini memvisualisasikan sejarah evolusi dan posisi taxonomi suatu organisme.

Metode Konstruksi Pohon

• Neighbor-Joining (NJ): Metode distance-based, cepat dan efisien
• Maximum Likelihood (ML): Metode statistik dengan akurasi tinggi
• Maximum Parsimony (MP): Metode yang memilih pohon paling sederhana
• Bayesian Inference: Metode probabilistik

Software yang Digunakan

• MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)
• PhyML: Untuk Maximum Likelihood
• MrBayes: Untuk Bayesian analysis
• RAxML: Untuk large dataset
• FigTree/TreeView: Untuk visualisasi

Tahapan Analisis Filogenetik

1. Multiple Sequence Alignment: Alignment sekuens dengan MUSCLE/ClustalW
2. Model Selection: Pemilihan model evolusi terbaik
3. Tree Construction: Konstruksi pohon dengan metode pilihan
4. Bootstrap Analysis: Uji statistik reliabilitas (1000 replicates)
5. Tree Rooting: Penentuan outgroup untuk rooted tree
6. Visualization: Pembuatan pohon filogenetik publication-ready

Persyaratan Data

• Format File: FASTA, PHYLIP, atau NEXUS
• Jenis Data: Sekuens DNA (urutan basa nitrogen A, T, G, C)
• Jumlah Sekuens: Minimal 3-5 sekuens untuk analisis meaningful
• Panjang Sekuens: Minimal 400 bp (lebih panjang lebih baik)
• Outgroup: Opsional, tapi recommended untuk rooted tree

Hasil yang Anda Terima

• Pohon filogenetik dalam berbagai format visual (high resolution)
• File pohon dalam format Newick (.tre, .nwk)
• Multiple sequence alignment file
• Bootstrap values pada setiap node
• Genetic distance matrix
• Laporan analisis filogenetik lengkap
• Interpretasi hasil dan posisi taxonomi
• File editable (PDF, PNG, SVG)

Interpretasi Bootstrap Values

• > 90%: Strongly supported, sangat reliabel
• 70-90%: Moderately supported, cukup reliabel
• 50-70%: Weakly supported, kurang reliabel
• < 50%: Not supported, tidak reliabel

Aplikasi Pohon Filogenetik

• Identifikasi dan klasifikasi spesies baru
• Studi biodiversitas dan konservasi
• Analisis evolusi molekuler
• Tracking origin dan spread patogen
• Publikasi jurnal ilmiah (taxonomy, ecology)
• DNA barcoding studies

Customization Options

• Pilihan metode konstruksi pohon
• Rooted atau unrooted tree
• Circular atau rectangular layout
• Color coding berdasarkan taxonomy
• Penambahan scale bar dan legends

Waktu Pengerjaan

Analisis pohon filogenetik dikerjakan dalam waktu 5 hari kerja. Waktu dapat bervariasi tergantung jumlah sekuens dan kompleksitas analisis. Hasil akan dikirimkan dalam format digital lengkap dengan file editable.

Quality Assurance

• Multiple sequence alignment di-check manually
• Bootstrap analysis dengan 1000 replicates
• Validasi dengan multiple methods jika diperlukan
• Konsultasi interpretasi hasil included

Catatan: Pohon filogenetik sangat berguna untuk publikasi ilmiah. Pastikan sekuens DNA yang dikirimkan sudah di-trim dan berkualitas baik untuk hasil analisis yang optimal.