Identifikasi Mikroba dengan Teknik Molekuler

Kami menyediakan layanan identifikasi mikroba tingkat spesies menggunakan metode molekuler yang akurat dan terpercaya. Layanan ini menggunakan analisis sekuensing DNA untuk mengidentifikasi mikroorganisme hingga level spesies dengan presisi tinggi.

Mengapa Identifikasi Molekuler?

Identifikasi molekuler memberikan hasil yang lebih akurat dibandingkan metode konvensional (morfologi dan biokimia). Metode ini dapat mengidentifikasi mikroba yang sulit dikultur, membedakan spesies yang sangat mirip, dan memberikan informasi filogenetik yang detail.

Metode Identifikasi yang Tersedia

• 16S rRNA Gene Sequencing - Untuk identifikasi bakteri
• 18S rRNA Gene Sequencing - Untuk identifikasi fungi dan protozoa
• ITS Region Sequencing - Untuk identifikasi fungi spesifik
• BLAST Analysis - Perbandingan dengan database GenBank
• Phylogenetic Tree Construction - Analisis kekerabatan evolusioner

Tahapan Identifikasi Molekuler

1. Ekstraksi DNA: Isolasi DNA genomik dari kultur murni
2. PCR Amplification: Amplifikasi target gen (16S/18S rRNA atau ITS)
3. Visualisasi: Elektroforesis gel untuk konfirmasi amplikon
4. Purifikasi: Pemurnian produk PCR
5. Sequencing: Sekuensing DNA menggunakan Sanger sequencing
6. Analisis Bioinformatika: BLAST search dan identifikasi spesies
7. Konstruksi Pohon Filogenetik: Menggunakan software MEGA atau PhyML

Persyaratan Sampel

• Kultur Murni: Isolat dalam media agar miring segar (< 7 hari)
• Kondisi: Kultur aktif dan tidak terkontaminasi
• Jumlah: Minimal 1 isolat, maksimal 5 isolat per pengiriman
• Packaging: Gunakan parafilm dan bubble wrap untuk pengiriman

Hasil Lengkap yang Anda Terima

• Sekuens DNA dalam format FASTA
• Kromatogram hasil sekuensing
• Hasil BLAST dengan % similarity dan E-value
• Identifikasi spesies dengan tingkat kepercayaan
• Pohon filogenetik (phylogenetic tree)
• Accession number homologi terdekat dari GenBank
• Laporan lengkap interpretasi hasil
• Sertifikat identifikasi mikroba

Aplikasi Identifikasi Molekuler

• Penelitian biodiversitas mikroba
• Penemuan spesies mikroba baru
• Identifikasi mikroba penghasil senyawa bioaktif
• Quality control produk bioteknologi
• Publikasi jurnal ilmiah
• Submisi ke GenBank/NCBI

Keakuratan Identifikasi

• ≥99% similarity: Identifikasi tingkat spesies dengan confidence tinggi
• 97-99% similarity: Kemungkinan spesies yang sama atau closely related
• 95-97% similarity: Identifikasi tingkat genus
• <95% similarity: Kemungkinan spesies baru atau genus berbeda

Waktu Pengerjaan

Identifikasi molekuler mikroba membutuhkan waktu 30 hari kerja karena meliputi proses ekstraksi DNA, PCR, sequencing, dan analisis bioinformatika yang komprehensif. Hasil akan dikirimkan dalam format digital (PDF dan file sequence).

Layanan Tambahan

Kami juga dapat membantu proses submisi sekuens ke database GenBank (NCBI) untuk mendapatkan accession number jika diperlukan untuk publikasi. Layanan ini tersedia dengan biaya tambahan.

Catatan: Pastikan isolat yang dikirim adalah kultur murni untuk hasil identifikasi yang akurat. Kultur terkontaminasi akan menghasilkan mixed sequences dan harus diulang.