Identifikasi DNA dengan Sanger Sequencing

Kami menyediakan layanan DNA sequencing menggunakan metode Sanger (first-generation sequencing) melalui kerjasama dengan PT. Genetika Sains Indonesia, laboratorium sequencing terpercaya. Layanan ini memberikan hasil sekuensing DNA berkualitas tinggi untuk identifikasi spesies dan analisis genetik.

Apa itu Sanger Sequencing?

Sanger sequencing (juga dikenal sebagai chain-termination method) adalah teknik penentuan urutan nukleotida DNA yang dikembangkan oleh Frederick Sanger. Metode ini masih menjadi gold standard untuk sequencing DNA fragmen pendek dengan akurasi sangat tinggi (>99.9%).

Kelebihan Sanger Sequencing

• Akurasi Tinggi: Error rate sangat rendah (< 0.1%)
• Read Length Panjang: Hingga 800-1000 bp per reaction
• Cost-Effective: Untuk sampel sedikit lebih ekonomis
• Reliable: Teknik yang sudah proven selama puluhan tahun
• Publication-Ready: Widely accepted untuk jurnal ilmiah

Partner Sequencing

Layanan sequencing dilakukan melalui PT. Genetika Sains Indonesia, perusahaan penyedia jasa sequencing profesional dengan:

• Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer
• ISO certified laboratory
• Experienced molecular biologists
• Quality control ketat untuk setiap sampel
• Fast turnaround time

Tahapan Layanan

1. Sample Preparation: Kami terima produk PCR dari client
2. Quality Check: Verifikasi kualitas dan kuantitas DNA
3. Submission: Pengiriman sampel ke PT. Genetika Sains
4. Sequencing: Proses sequencing oleh partner
5. Data Analysis: BLAST analysis dan identifikasi spesies
6. Report: Laporan lengkap hasil identifikasi

Persyaratan Sampel

• Jenis Sampel: Produk PCR yang sudah dipurifikasi
• Konsentrasi: 30-100 ng/μL (optimal untuk sequencing)
• Volume: Minimal 15 μL per sampel
• Purity: Rasio A260/A280 = 1.8-2.0
• Single Band: Produk PCR harus clean (1 band pada gel)
• Primer Information: Forward/Reverse primer sequence

Hasil yang Anda Terima

• File sekuens DNA dalam format FASTA (.fasta, .fa)
• Chromatogram file (.ab1) untuk quality check
• Hasil BLAST search dari GenBank/NCBI
• Identifikasi spesies dengan % similarity
• Accession number homolog terdekat
• Query cover dan E-value
• Laporan analisis bioinformatika
• Sertifikat hasil identifikasi DNA

Aplikasi Sanger Sequencing

• Species Identification: Identifikasi organisme tidak dikenal
• DNA Barcoding: COI, 16S, 18S, ITS sequencing
• Mutation Detection: Screening mutasi pada gen target
• Plasmid Verification: Konfirmasi hasil kloning
• Phylogenetic Studies: Data untuk konstruksi pohon filogenetik
• Biodiversity Research: Survey keanekaragaman hayati

Quality Metrics

• Phred Score > 20: Base call accuracy > 99%
• Read Length: Typical 600-800 bp high quality
• Success Rate: > 95% untuk sampel berkualitas baik
• Re-run Policy: Free re-sequencing jika quality issue dari lab

Interpretasi Hasil BLAST

• ≥ 99% similarity: Species-level identification (high confidence)
• 97-99% similarity: Same species atau closely related species
• 95-97% similarity: Same genus, different species
• 90-95% similarity: Family level identification
• < 90% similarity: Possible new species atau distant relative

Delivery Format

Semua hasil dikirimkan dalam format digital via email atau cloud storage:

• Raw sequence files (.ab1, .seq)
• FASTA files untuk analisis lanjutan
• PDF report dengan BLAST results
• Excel summary file

Waktu Pengerjaan

Total waktu pengerjaan 7 hari kerja sejak sampel diterima, meliputi:

• 1 hari: Quality check dan preparasi sampel
• 3-4 hari: Sequencing oleh PT. Genetika Sains
• 1-2 hari: Analisis bioinformatika dan report

Additional Services

• PCR purification (jika belum clean)
• Primer design untuk target gen
• Multiple alignment dan phylogenetic tree
• GenBank submission assistance

Why Choose Our Service?

• Partnership dengan sequencing facility terpercaya
• Comprehensive analysis included (BLAST, alignment)
• Expert interpretation dan konsultasi
• Competitive pricing
• Fast turnaround time
• Publication-ready results

Catatan: Pastikan produk PCR yang dikirim adalah clean (single band pada gel) untuk hasil sequencing yang optimal. Sampel dengan multiple bands atau smear akan menghasilkan mixed sequences dan perlu re-PCR.